Ο Ιερός Ναός των Αγίων Κων/νου και Ελένης ξεκίνησε ως παρεκκλήσιο του Μητροπολιτικού Ναού του Αγίου Μηνά.

Από το 1897 έχουμε πληροφορίες για την ύπαρξή του, όπου παραμένει στη διοίκηση του του Αγίου Μηνά έως και το 1933.

Μετά το 1933 αφού εκδίδεται διάταγμα περί της ιδρύσεως του Ιερού Ναού, τοποθετείται άμεσα και  και εφημέριος ο πατήρ Στέφανος Προβατάκης , προσωπικός φίλος του Ελευθέριου Βεβιζέλου.

Τα πρώτα χρόνια η διαχείριση των τάφων ανήκε στον τότε Μητροπολίτη Κρήτης, όπου στις 31 Ιουλίου του 1932 με διαταγή του Υπουργείου θρησκευμάτων καθορίζει τη νομή και κατοχή του χώρου.

 Παρακάτω παραθέτουμε το ακριβές έγγραφο που δηλώνει αυτήν την αέναη και συνεχή κατοχή.