Το κοιμητήριο κατασκευάστηκε το 1890 ενω το κτήριο στο οποίο στεγάζεται η συλλογή χρησιμοποιήθηκε ως οστεοφυλάκιο.

Σήμερα λειτουργούν 612 οικογενειακοί τάφοι, ανάμεσά τους και τάφοι που συνδέονται με την πρόσφατη ιστορία της πόλης και της Κρήτης, όπως το κοιμητήριο των 18 νεαρών Άγγλων που έπεσαν υπερασπιζόμενοι την ελευθερία της Κρήτης την 25η Αυγούστου του 1898, ο τάφος του Αρχιεπισκόπου Κρήτης Ευγένιου Ψαλιδάκη, τάφοι Δημάρχων του Ηρακλείου, πολιτικών, αντιστασιακών, λογοτεχνών και επιφανών Ηρακλειωτών.